飼料原料的品種、產地、等級、異物含量、貯存條件以及貯存期的不同，其營養成分的差別很大。因而，飼料原料對配合飼料的營養成份和質量有直接的影響。原料的質量好，等級高，制成的配合飼料可達到預期的營養水平，反之飼料的營養將有所變化。尤其飼料原料的貯存時間，對飼料的營養價的影響較大。雖然，原料的粗蛋白質含量在貯存過程中不會改變，但隨著貯存期的延長蛋白質的溶解度和消化率逐步下降，當原料在24℃下貯存2年，蛋白質消化率下降8%；原料中其它營養成分在貯存過程中也會有不同程度的降效。其中VE的損失最為嚴重，脂肪在貯存過程中受脂肪酶的分解，極易酸敗，使用這種降效的原料將大大降低配合飼料的質量。
此外，由于水產飼料的特殊性，所以對飼料的加工技術要求較高。影響飼料加工質量的工藝指標主要是粉碎粒度、調質蒸氣的壓力和溫度。試驗證明，飼料加工粒度在10-20目消化率為11%，30-50目消化率為51%，50目以上消化率為73%。原料粒度細則表面積大，可獲得較好的調質效果，飼料的熟化程度高，糊化更充分，顆粒的粘結性好，入水后不易散失，魚類攝食后易于消化吸收，飼料系數低。在飼料加工的標準中，對水產飼料粉碎粒度的要求是：淡水魚料要求全部通過20目篩，40目篩上物不得超過30%；對蝦料要求全部通過40目篩，60目篩上物不得超過20%。飼料原料過細和過粗都會增大飼料系數。
此外，調質工藝對飼料的質量影響是至關重要的，蒸氣壓力和物料通過調質器的時間，決定了物料的熟化的程度。對于不同的原料調質的工藝參數不同。如果熟化的水份不足，溫度不夠，原料糊化不充分將影響消化率，而熟化過度將會破壞飼料中的營養成份，其中損失最大的是賴氨酸。從而使飼料可利用率下降，飼料系數增大。對水產飼料來講調質的最適含水量12%左右，物料的溫度以70℃為宜，這不但能提高制粒機組的生產效率，而且，也能生產出高質量的顆餌產品。
