微生物發酵飼料是指在人工控制條件下，通過微生物的代謝活動，將飼料中的大分子物質和抗營養因子分解或轉化，產生更有利于動物采食和利用的富含高活性益生菌及其代謝產物的飼料或原料。微生物發酵飼料具有天然的發酵香味，含有大量的有益菌，有害菌（以大腸桿菌、沙門氏菌和金黃色葡萄球菌為典型代表）數量極低，不超過10cfu／g；發酵成品的pH值較低，在4.5左右，含有較多的乳酸和乙酸。這種同時具有酸化劑、微生態制劑特性以及類似抗生素生長因子功能的發酵料，具有無毒、無殘留、無污染的優勢。
機理：
1.生物屏障作用。
在腸道內的有益菌通過與有害菌競爭定植點位和奪取營養物質抑制和阻止有害菌在腸黏膜的附著和繁殖。由于微生物之間存在相互作用，某一生態系統中現存的微生物會阻止新的有機體在這一部位入侵，從而減少大腸桿菌和腸道上皮結合。因此，對于那些菌群形成遲緩的有些動物服用微生物飼料是至關重要的。而對于成年動物由于許多微生物只能在腸道內存活相當一段時間，必須連續服用活菌制劑才能保持某一微生物在腸道內的定植。
2.化學屏障作用。
通過有益微生物如乳酸菌類產生的有機酸（乳酸、丙酸、乙酸）使消化道內pH值降低，抑制其他病原微生物生長，環境pH值為4時大腸桿菌和沙門氏菌不能增殖，起到了維持腸道菌群平衡促生長的作用，同時消化道內的酸性環境促進了礦物質元素鈣、磷、鐵以及維生素D的吸收和利用。
3.有益微生物可產生肽細菌素、酶類及少量無機物，可以抑制有害菌的生長或阻止有害菌毒素在上皮細胞的粘附和侵入。
乳酸菌和鏈球菌產生的乳酸鏈球菌肽能抑制沙門氏菌、志賀氏菌、綠膿桿菌和大腸桿菌的生長；嗜乳酸桿菌和保加利亞乳桿菌可以產生少量過氧化氫抑制革蘭氏陰性病原菌的生長；乳酸桿菌和雙歧桿菌產生的胞外糖苷酶可以阻止細菌毒素的入侵。
4.提高營養價值
以28℃發酵溫度，100：6（豆粕／麩皮）發酵料坯組成，1：3（米曲霉／酵母）接種配比，按6％接種量發酵豆粕72h，發酵后粗蛋白含量可達49.1％，較原料增加12.1％。發酵蛋白還可使可利用性氨基酸含量增加。
5.營養作用。
微生物發酵飼料中的有益菌本身即為一種高蛋白物質，同時在動物腸道內代謝，可產生多種有助于動物營養消化的有益因子，促進所養魚蝦的發育和增重，如芽孢桿菌能分泌多種消化蛋白酶、淀粉酶、脂肪酶等，促進營養物質的消化和吸收；酵母菌可以產生氨基酸、多種維生素供動物體利用，酵母菌還可以促進植酸酶的產生，提高動物對磷的利用率。
6.防止有害物質的產生。
微生物發酵飼料促進營養物質的消化吸收，減少了氨和其他腐敗物質的產生。研究表明：飼喂微生物發酵飼料可減少內容物、糞便、門靜脈中氨的含量以及腸道中甲酚、吲哚、3一甲基吲哚等腐敗物質的含量，減少糞便的臭味，凈化環境。
7.提高機體的免疫力。
微生物發酵飼料中的有益菌可以作為一種非特異免疫調節因子，通過細菌本身或細胞壁成分刺激并激活宿主免疫細胞，促進吞噬細胞活力或作為佐劑發揮作用。有益微生物還可以發揮特異免疫功能，增強動物體內B細胞產生抗體的能力，從而防止疾病的發生。
8.改善飼料物理性能
以乳酸菌發酵肉骨粉和水解羽毛粉，發酵產物添加于飼料中可提高水產飼料在水中穩定性，與魚粉對照組相比，該飼料的水中穩定性提高3.7％，pH由6.6降到6.3，硬度由4.5kg／cm2降為4.0kg／cm。
