高密度投放魚種和大量投喂人工配合飼料是集約化水產養殖的兩個顯著特點，人工配合飼料是集約化水產養殖的主要營養來源，而人工配合飼料的大量使用又是造成養殖水體污染的主要原因之一。要解決好飼料的污染問題，必須從營養學的角度控制污染源，從而實現綠色養殖的目標。
1、合理控制飼料成份的比例
目前一些廠家在配制水產配合飼料時，往往只是片面考慮水產動物對蛋白質的需求量，而忽視了水產動物對能量的需求量，添加大量魚粉是導致高磷和高氮污染的主要原因。在設計配方的時候，可以適當提高飼料的能量含量并減少蛋白質含量，從而減輕由高蛋白質營養水平導致的氨氮污染程度。
2.提高蛋白質的生物學價值
水產動物排泄的大量含氮物質是造成水體環境污染的主要原因，這些含氮物質主要來自飼料中那些未被消化利用的粗蛋白質和氨基酸。采用理想的蛋白質模式，改善蛋白質中各種氨基酸的平衡狀況，可提高蛋白質的生物學利用價值，有效降低飼料粗蛋白質水平，提高飼料中氮的利用率，減少糞便中氮的排泄量。這樣既可節省大量的天然蛋白質飼料資源，又可減輕集約化水產養殖對環境的氮污染程度。
3.合理使用添加劑
部分添加劑的合理使用可以在一定程度上改善飼料的品質和風味，促進水產動物攝食，提高飼料的利用率，從而可以減輕對水體環境的污染程度。
肽制劑：肽是一種高效的生物活性物質，無藥物殘留，不會產生抗藥性。為了降低飼料成本，在配制水產飼料時往往需要添加一定量的植物性原料。使用肽制劑后不僅可以改善飼料的適口性，而且還可以全面促進飼料營養成分的消化和吸收，提高飼料利用率，從而大大減少水產動物排泄物中的有機物、氮磷等營養物質的排出量，減少飼料中未消化物質對水環境的污染。
高效礦物質：礦物質是水產動物生命活動和水產養殖生產過程中不可缺少的一類營養物質，雖然水產動物可以從水環境中吸收一部分礦物質，但仍不能滿足生長需要，因此必須在飼料中補充一定量的礦物質。目前我國飼料礦物質添加劑的使用還停留在無機鹽階段，而以無機鹽形式添加的礦物質在動物體內利用率極低，容易導致添加量不斷增加，對環境的污染也越來越嚴重。有機鹽形式的礦物質添加劑則可以提高礦物質的生物利用率，減少其在飼料中的添加量，減輕對環境造成的污染，從而達到降低生產成本的目的。
4.改善加工工藝
飼料加工工藝（如粉碎、混合、制粒以及膨化等）可影響水產動物對飼料營養成分的利用率，在生產水產飼料時，應該根據不同品種的生活習性、不同的發育階段以及不同的生理機能，采用相應的生產工藝，配制適合其攝食和消化的優質飼料。
開發低污染水產飼料是飼料工業和養殖業發展的必然趨勢，也是緩解養殖業與環境之間的惡性循環和生產無公害水產品的前提?？偟膩碚f，低污染水產飼料的應用將成為今后水產養殖業發展的方向。
